I- Recherche des séquences et comparaison

 

1.1-Récupération des séquences

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Sur le Site du NCBI :

1. Retrouver la séquence de la GFP mutée (GFPuv) clonée dans pGFPuv.

2. Copier la séquence du gène GFPuv, en format FASTA, dans un document Word.

3. La nommer : « CDS GFPuv »

4. Retrouver la séquence complète du plasmide pGFP (la séquence CDS, n’est pas disponible)

5. Copier la séquence du plasmide, en format BRUT, dans un document Word.

6. La nommer : « séquence complète pGFP »

1.2-Comparaison des séquences nucléotidiques : BLASTN

 

Le logiciel BLAST permet de comparer deux séquences entre elles ou une séquence par rapport à l’ensemble des séquences d’une base données

Sur le Site du NCBI :

1. Cliquer sur l’onglet BLAST, dans le menu "popular ressources" à droite de l'écran.

2. Choisir le programme « Nucléotide BLAST »

3. Sélectionner la comparaison de deux séquences

4. Dans la fenêtre « QUERY sequence » : coller la séquence CDS GFPuv

5. Dans la fenêtre « SUBJECT sequence » : coller la séquence complète pGFP

6. Cliquer sur « BLAST »

7. Copier l’alignement de séquence  (fenêtre « aligment ») et coller dans votre document word.

8. Nommer le document : BLAST N : Query : GFPuv / Subject pGFP

9. Grâce à l’alignement réalisé, identifier la position du gène GFP-wt dans pGFP et enregistrer la séquence correspondante (au format brut) dans le document word sous le nom : « CDS GFP-wt »

 

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1.3-Comparaison des séquences protéiques : TBLASTX

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Le logiciel TBLASTX permet de comparer deux séquences protéiques entre elles (ou une séquence par rapport à l’ensemble des séquences d’une base données) à partir de séquences nucléotidiques. Le logiciel recherche des ORF à partir des différents cadres de lecture et recherche des alignements possibles.

Sur le Site du NCBI :

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1. Revenir à la page d’accueil de BLAST, en cliquant sur « home » dans la barre horizontale de menu

2. Choisir le programme « Nucleotide BLAST », puis dans les onglets, en haut à gauche, cliquer sur TBLASTX

3. Sélectionner la comparaison de deux séquences

4. Dans la fenêtre « QUERY séquence » : coller la séquence CDS GFPuv

5. Dans la fenêtre « SUBJECT sequence » : coller la séquence pGFP

6. Cliquer sur « BLAST »

7. Copier l’alignement de séquence le plus pertinent dans votre compte-rendu (généralement le premier proposé et coller dans votre document word.

8. Nommer le document : TBLASTX : Query : GFPuv / Subject pGFP

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NB : Organiser le doc word, de façon à ce que chaque séquence ou comparaison ne soit pas présentée sur deux pages, et que la césure des lignes soit respectée. Surligner les titres des différents documents.

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