1. ANALYSE STATISTIQUE ET ALIGNEMENT DES SEQUENCES

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1.1. A partir de l’interface Sequence Manipulation Suite, et du programme "DNA Stats", déterminer le nombre de bases de chacune des deux séquences ainsi que le GC%

 

1.2. Procéder à l'alignement des séquences ADNg et ADNc à l'aide du programe "BLAST" hébergé sur le site du NCBI :

• Sélectionner le programme "Nucleotide BLAST"

• Cliquer sur l'option d'alignement de deux séquences (ou plus)

• Copier et coller chaque séquence dans chacune des deux fenêtres et lancer l'alignement de séquence ("BLAST").

• NB : Fenêtre Query : ADNg / Fenêtre Subject : ADNc

 

1.3. A partir du résultat obtenu, déterminer le nombre d'exons et d'introns "putatifs" mis en évidence.

 

1.4. A l'aide du logiciel "PowerPoint", réaliser un schéma faisant apparaitre l'ADNg (sous forme d'un trait) et la position des exons putatifs (sous forme de boîtes) en indiquant la position des premiers et derniers nucléotides des différents exons.

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2. VALIDATION DES EXONS, DETERMINATION DES ORFs ET DES UTRs.

 

2.1. Rechercher la présence de cadre de lecture ouverts, ou ORF (OPEN READING FRAME) dans la séquence d'ADNg, à l'aide du logiciel "ORF Finder" sur l’interface Sequence Manipulation Suite (SMS2) :

• Coller la séquence dans la fenêtre prévue à cet effet

• Rechercher les ORFs dans les 3 cadres de lecture du brin "Direct" et conserver les autres paramètres par défaut.

• Relever les informations en complétant un tableau selon le modèle suivant :

• NB : on recherchera des ORFs au niveaux des positions de début et de fin des exons putatifs précédemment identifiés.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2. Faire apparaitre la position et la nature du codon STOP.
2.3. Répéter la recherche d'ORFs, mais en imposant cette fois-ci un codon ATG au début des ORFs. Identifier le codon initiateur de la traduction. (A ne pas confondre avec le +1 de la transcription!). Le faire apparaître sur le schéma.
2.4. En déduire la position du 5' UTR et du 3' UTR et les faire apparaître en couleur sur le schéma.

 

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3. RECHERCHE DE SIGNAUX NÉCESSAIRES À LA TRANSCRIPTION ET AUX MODIFICATIONS POST-TRANSCRIPTIONNELLES

 

3.1. Rechercher, à laide du programme "DNA Pattern Find" de SMS2 la présence de séquences régulatrices dans le promoteur et noter leur position sur le schéma récapitulatif :

 

• Boîte TATA ou TATA Box : Séquence consensus : TATAA[AT]

• Boîte CAAT ou CAAT Box : Séquence consensus :[TG]GCCAATCT

 

 

3.2. En suivant la même démarche rechercher un site de polyadénylation, dont la séquence consensus est AATAAA. 

 

 

Terminer votre schéma récapitulatif en faisant apparaître le maximum d'informations.